Faune d'origine
La modification, voire la disparition des zones marécageuses ont entraîné celles d'espèces animales (mammifères, oiseaux, crustacés, mollusques, poissons ...) qui faisaient la richesse de ces milieux. La création de réserves naturelles (St Martin de Seignanx, Pontonx sur Adour), ou la protection des zones spécifiques (Rivière Saubusse) ont heureusement permis à la faune de trouver des lieux de vie et tranquillité, permanents.

Oiseaux
Les espèces les plus fréquentes sont :

• Les anatidés : canards,  colverts, canards souchets, canards chipeaux, canards pilets, sarcelles, oies, ...

• Les limicoles : bécasseaux, chevaliers bécassines, vanneaux, courlis, avocettes, ..

• Les rallidés : râles, foulques,  poules d'eau, ...

• Les hérons : cendrés, bihoreaux, gardes-boeufs, aigrettes, grandes aigrettes ...

• Les cigognes, ... (en une vingtaine d'années leur nombre s'est fortement accru tout au long d la vallée de l'Adour. Soixante dix lieux de nidification aujourd'hui).

• Les passereaux : martins pêcheurs, phragmites,  fauvettes, bruants, mésanges, bergeronnettes, ...

• Les rapaces : buses, busards,  faucons, milans, hiboux, chouettes, ...

• Les cigognes (fréquentation de mars à août).

Mammifères
Les plus nombreux actuellement sont les ragondins une espèce prolifique, et qu'on considère comme nuisible (gène pour d'autres espèces, et dégâts dans les digues de protection). Régulation par empoisonnement (déconseillé), piégeage, et battues.
A noter qu'il y a quelques années les ragondins étaient recherchés pour leur fourrure, leur chair (civets).

Le biotope humide des barthes convient également au vison d'Europe et à la loutre. Des espèces menacées de disparition. Le premier parce que fortement concurrencé par un nouveau venu, le vison d'Amérique, la seconde parce que très sensible à la pollution, et trouvant de moins en moins des  zones aquatiques pour y trouver de la nourriture.

Bien sûr batraciens reptiles et crustacés (grenouilles, crapauds, tritons, salamandres, couleuvres, écrevisses américaines ...) sont en grand nombre dans les barthes (utiles dans la chaîne alimentaire), où vit également une curieuse petite tortue la cistude qui se fait de plus en plus rare.

L'implantation des cigognes dans la vallée de l'Adour est peut être liée à la prolifération de l'écrevisse américaine depuis les années 1980.

Sangsues
La présence de nombreuses sangsues dans les barthes a été longtemps la source d'un commerce florissant. Ces "bestioles" étaient vendues aux apothicaires des villes.